Hastanın belirtilerinin nedeni hakkında daha fazla bilgi alabilmek için doktor şu testleri yapabilir:

• Üst endoskopi (endoskop adı verilen bir cihaz kullanılarak organlar ve vücut boşluklarının incelenmesi)
• Ultrason (iç organların görüntülerini saptamak için ses dalgası kullanılması)
• Bilgisayarlı tomografi (BT) (doku yapısının ayrıntılı bir kesitini gösteren bir film oluşturan radyografi tekniği)
• Manyetik rezonans görüntüleme (MRG)

Bu testler hastalarda bir tümör olup olmadığını, nerede yer aldığını, ne kadar büyük olduğunu ve kanserin gastrointestinal sistemin dışına yayılıp yayılmadığını (metastaz yapıp yapmadığını) belirlemeye yarar.
Tümör mevcutsa, tümörün iyi huylu ya da kötü huylu olup olmadığının belirlemesi ve ne tür kanser olduğuna karar vermesi için bir doku örneği ( biyopsi ) gereklidir. Tümör bir sarkomsa dokuyla yapılacak başka testlerle ne tip sarkom olduğu ve ne hızla yayılabileceği belirlenecektir.
Biyopsi patoloğa gönderilir. Patolog tümör örneğinde GİST'lerin çoğundan sorumlu olduğu düşünülen protein olan Kit/CD117 olup olmadığını görmek için de test yapacaktır.
GİST tanısı alan hastanın mutlaka bir onkologa başvurması gerekmektedi. GİST'in boyutu ve tümör hücrelerinin diğer özellikleri tümörün vücudun başka bölümlerine ne hızla yayılabileceğini ve ameliyat ile tedavi edilip edilemeyeceğini gösterir. GİST'in artık agresif bir kanser olduğu bilinmektedir; uzmanlar artık bütün GİST'lerin, vücudun başka bölgelerine yayılma riski taşıdığını bilmektedir. Bu yüzden, GİST tanısı konan hastalarda mümkün olduğu kadar çabuk tedavi uygulanmalıdır.