GİST'in başlıca nedenlerinden birinin normal fonksiyonlarından farklı etkinlik gösteren KIT adı verilen bir proteinin neden olduğu sanılmaktadır. Normal hücrelerin sınırlı bir yaşam süresi vardır. Hücrelerin yüzeyinde yer alan KIT proteini hücre içine yalnızca gerektiği zaman çoğalmalarını söyleyen bir sinyal gönderir. KIT proteini normal fonksiyonunu kaybettiğinde bu sinyal sürekli aktif hale gelir ve hücreler çoğalmaya devam eder. Kanserli GİST hücreleri sağkalım açısından bir "avantaja" sahiptir, çünkü çevrelerindeki normal hücrelerden daha hızlı çoğalır ve daha uzun süre hayatta kalırlar. Kanserli hücreler ne kadar uzun süre hayatta kalırlarsa o kadar tehlikeli olabilirler ve vücudun başka bölgelerine yayılma ihtimalleri o kadar fazladır.