GİST'te başlıca tedavi cerrahidir. GİST vücudun başka bölgelerine de yayılmış olabileceği için ameliyat ile çıkarılamayabilir. Genellikle, ameliyatla bile, ilk GİST'in bir bölümü vücutta kalabilir ya da GİST vücudun başka bir bölgesinde yeniden ortaya çıkabilir. Bu vakalarda, ameliyatın yalnızca hastalık belirtilerini gidermeye yaradığı ve tedavi edici olmadığı kabul edilir.Kemoterapi ve radyoterapi gibi geleneksel kanser tedavileri hastalığın tedavisinde etkisiz olmuştur. Etkili tedavi olmadığı için ve pek çok GİST ameliyatla çıkarılamadığı için etkili bir ilaç tedavisi geliştirilmesi büyük önem taşımıştır. İmatinib GİST tedavisinde onaylanan ilk etkili ilaçtır; daha önce GİST hastalığını tedavi edecek başka bir çare olmayan GİST hastaları için etkili bir tedavi seçeneği sunmaktadır.